Поставил себе блэк баг, хукап реле перекрыл бензонасос. Теперь контроллер после запуска выдает неисправность "Обрыв цепи управления реле бензонасоса". Может кто встречался с такой проблемой и поборол ее?

Похоже на неправильную установку реле. Реле бага должно срабатывать до запуска (стартёра). Видимо получается, что сначала подаётся сигнал на бензонасос и только потом срабатывает реле.

У меня установлен 8-й уровень программирования (Режим согласования с работой штатного иммобилайзера) - т.е. задержка начала опознавания транспондера ББ на 2 сек., чтобы не мешать опознаванию штатного иммо. Может здесь собака зарыта?

Попробуй убрать задержку. Если с АПС конфликта не будет - должно прокатить.