Пузыри в бачёк пойдут, может с запахом. Вообще пробки воздушные просто так не появляются, особенно если с системой охлаждения в ближайшее время ничего не делал. Хотя ты говорил, что менял термостат, но проблема то раньше появилась, и как я понял после замены изменений нет. Попробуй пожамкать руками шланги системы охлаждения при работающем двигателе. Потом дай постоять после прогрева несколько минут, ещё пожамкай. Бывает после этого слышится "вздох" в системе и влезает ещё с пол литра или больше. Но помпа обычно всё таки прогоняет сама эти пробки, если исправна конечно. Хуже если система негерметична, и попадают газы под давлением, но тогда будет запашок.